引发原发性胆汁性肝硬化的病因原因没有统一的意见，但通常发生于有免疫疾病的患者，如风湿性关节炎、硬皮病、免疫性甲状腺炎。病理学上认为原发性胆汁性肝硬化为一种自身免疫性疾病，主要是因为免疫系统出错导致。
引发原发性胆汁性肝硬化的病因具体如下：
原发性胆汁性肝硬化在组织病理学上主要表现为小叶间胆管和界板胆管的慢性非化脓性胆管炎。浸润的炎症细胞主要为淋巴细胞、浆细胞、嗜酸细胞和组织细胞。
原发性胆汁性肝硬化在起病时首先累及汇管区直径小于70一80μm的小胆管，其上皮细胞肿胀、不规则，呈嗜酸性，胆管腔不规则，基膜崩解，被炎症细胞包围，常见有肉芽肿形成。原发性胆汁性肝硬化以后的病变由汇管区伸向肝实质，继而发生纤维化.最后导致肝硬化。
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