典型的或晚期的原发性胆汁性肝硬化，诊断多无困难。重要的是早期原发性胆汁性肝硬化，特别是无症状原发性胆汁性肝硬化，易被忽略或误诊。应及时进行诊断鉴别，检查项目有ALP、GGT、IgM以及AMA、抗M2与肝活检。
原发性胆汁性肝硬化的诊断检查项目特点具体如下：
1、临床发病特点：好发于中年以上女性，早期无症状或以皮肤瘙痒起病，肝内慢性淤胆(黄疸)多呈进行性发展，因伴高胆固醇血症而发生皮肤黄色瘤，常伴其他自身免疫性疾病 (Sjbgren综合征、慢性风湿性关节炎、慢性自身免疫性甲状腺炎等)，晚期表现为肝硬化、门脉高压、腹水等特征，
2、实验室检查特点：胆管系酶血清ALP、GGT等明显升高，IgM升高，血沉加快，血总胆固醇升高。
AMA是原发性胆汁性肝硬化特异性最高的自身抗体。无症状PBC阳性率约88.1%，有症状PBC约为92.8%。目前已知PBC病人中AMA的亚型之一抗M2 的阳性率最高，可高达95%。M2抗体是针对复合丙酮酸脱氧酶PDH亚基F2成分的抗体。用ELISA法检测，显示阳性率和效价均高。抗M2也称抗 PDH。
3.肝脏组织学特点：肝组织中，中等小叶问胆管或间隔胆管显示慢性非化脓性破坏性胆管炎或小胆管消失。因为该病变有时呈散在性，应注意取材或标本连续性切片，以提高诊断率。
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