按解剖学分类，肺炎可分为大叶性，小叶性和间质性，为便于治疗，现多按病因分类，主要有感染性和理化性如放射线，毒气，药物以及变态反应性如过敏性肺炎等，临床所见绝大多数为细菌，病毒，衣原体，支原体，立克次体，真菌和寄生虫等引起的感染性肺炎，其中以细菌性肺炎最为常见。
肺炎的病原体因宿主年龄，伴随疾病与免疫功能状态，获得方式(社区获得性肺炎或医院内肺炎)而有较大差异，社区获得性肺炎的常见病原体为肺炎链球菌，流感 嗜血杆菌，金黄色葡萄球菌，化脓性链球菌，军团菌，厌氧菌以及病毒，支原体和衣原体等，而医院内肺炎中则以绿脓杆菌与其他假单胞菌，肺炎杆菌，大肠杆菌， 阴沟与产生肠杆菌，变形杆菌，耐甲氧西林金葡菌(MRSA)和真菌等常见，吸入性肺炎大多数为厌氧菌感染。
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