病原体变迁和多重耐药菌株的频繁出现使细菌性肺炎诊断更为重要。但由于途径口咽部的咳痰受正常菌群污染，未经筛选的单次普通痰培养不可靠。痰涂片镜检有助早期初步的病原诊断，并可借此剔除口咽部菌群污染严重的“不合格”痰标本而选取“合格”(每低倍视野鳞状上皮细胞<10个、白细胞>25个，或鳞状上皮细胞;白细胞<1∶2.5)标本作检查，应予重视。
涂片上见吞噬细胞内g+和g-球菌或多形短小g-杆菌(流感嗜血杆菌可能)极具诊断意义，但见到g-杆菌其病原学诊断价值不大痰液洗涤和定量培养也是提高痰培养正确性的有效方法，痰中浓度超过107cfu/ml的致病菌多为肺炎的感染菌，而低于104cfu/ml者多为污染菌。对重症、疑难病例或免疫遏制宿主肺炎，为取得精确的病原诊断，可采用自下呼吸道直接采样的方法，主要有环甲膜穿刺经气管吸引(tta)、经胸壁穿刺肺吸引(la)、防污染样本毛刷(psb)采样、防污染支气管肺泡灌洗(pbal)等。血和胸水污染机会少，在病原诊断方法中不应忽视。此外，免疫学和分子生物学方法可用于肺炎如军团菌感染的诊断，对于传染培养方法繁复且不能在短期内检测出病原体尤为适用，不足之处是不能作药敏试验。
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