性病淋巴肉芽肿的病原体是沙眼衣原体l1、l2、l3血清型，它属于一种专门寄生在细胞内的微生物。人是此病原体的自然宿主。主要通过性交传染，偶由接触病人分泌物而传染。下面详细介绍。
性病性淋巴肉芽肿的病原体分述如下：
1935年宫川氏等从病灶局部取材涂片检查，以及从实验动物的猴脑、脊髓、睾丸及淋巴结中抽出液体涂片做姬姆萨染色，均发现深天蓝色小体，称为宫川小体。
60年代通过电子显微镜观察及细胞培养法对本病病原体进行研究，结果证明此小体与沙眼、鹦鹉热的病原体的性状有相似之处，与典型的病毒则不同，被命名为衣原体。本衣原体在人体外比较稳定，能保持生活力2—3日，在去氯自来水中至少能活5日,50℃30分钟或95—100℃1分钟均可被灭活。紫外线、干燥、75%酒精、2%来苏水和2%氯胺可杀灭。对广谱抗生素和磺胺制剂敏感，对青霉素和氨苄青霉素稍敏感，对链霉素、庆大霉素及呋喃西林等耐药。现已查明本病衣原体是沙眼衣原体的一个亚群，属血清型沙眼衣原体（l1—l3型），目前已称为性病淋巴肉芽肿衣原体。
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