临床上诊断先天性梅毒的方法主要有病原学检查。先天性梅毒的病原学检查主要包括直接检查梅毒螺旋体、血清学试验和梅毒螺旋体PCR检测。对该病一定要早诊断在治疗，以免病情恶化对身体带来更大的伤害。
1.直接观察梅毒螺旋体：适用于早期先天性梅毒的诊断。可用暗视野显微镜观察病损基部浆液内的梅毒螺旋体;可用银染色法或特异性荧光抗体染色活体组织检查梅毒螺旋体;还可采用多功能显微诊断仪直接观察样本内病原体，具有直接、快速的优点，但仪器价格昂贵。
2.血清学试验：是先天性梅毒诊断最主要的实验室手段，根据所用抗原不同可分为非螺旋体抗原和螺旋体抗原血清学试验两类。(1)非螺旋体抗原血清试验：测定血清抗心磷脂抗体(反应素，为非特异性抗体)，为梅毒的常规筛查试验。(2)螺旋体抗原血清试验：用活得或死的梅毒螺旋体或其成分作抗原测定抗螺旋体IgG或IgM抗体，敏感性和特异性均高，一般用作确认试验。
3.技术检测梅毒螺旋体DNA：文献报道，PCR检测梅毒螺旋体DNA的敏感性和特异性均优于血清学方法。用腹股沟淋巴结穿刺结合PCR检测诊断早期梅毒和潜伏期梅毒，其特异性和敏感性均可达100%。
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