唇裂的病因主要分为3大方面：唇裂的发病，目前尚未完全明了引起发育和融合障碍的确切原因和发病机理。可能与遗传因素及环境因素两个方面有关联，并与营养、遗传、感染、内分泌等因素有关。
1、药物因素
多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎。有些药物可能影响胚胎的发育而造成畸形，目前已知的缓肿瘤药物(如环磷酰胺、氨甲喋呤等)、抗惊厥药物(苯妥英钠)、抗组织胺药物及治疗妊娠性呕吐的敏克静和某些安眠药物(如沙立度胺)均可导致胎儿畸形。
2、物理损伤
如在胎儿发育时期，孕妇频繁接触放射线或微波等均可能影响胎儿的生长发育而成为唇裂发生的可能诱因。
3、烟酒因素
妊娠早期大量吸烟及酗酒，其子女唇裂的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高，因而也是导致胎儿发生唇裂的可能因素之一。
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