在胚胎发育早期，嘴唇和上腭部分是由两侧组织渐渐往中线连接起来形成。如果在妊娠早期(2个月以前)有某些因素干扰而不能按预定的进度达到连接时，就会产生唇裂或腭裂。
究竟是什么原因造成的唇腭裂畸形呢?目前大部分致病原因尚不清楚，部分患者可能与遗传或环境因素有关。聊城市人民医院口腔科姜莉铖
遗传因素：遗传学研究证明，本病为多基因遗传性疾病，20-30%的患者具有阳性的遗传因素。我们也经常可见在患者的亲属中有类似的畸形发生。这里有一份关于遗传问题的资料：①若双亲都正常，生育第一位唇腭裂子女的可能性为一比五百五十;②若双亲都正常且一位子女有唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女的可能性为一比二十;③若双亲都正常且第一及第二位子女有唇腭裂，生育第三位唇腭裂子女的可能性为一比四;④若双亲中有一位唇腭裂患者，生育唇腭裂子女的可能性为一比二十;⑤若双亲中有一位唇腭裂患者且一位子女有唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女的可能性为一比四;⑥若双亲都是唇腭裂患者，生育第一位唇腭裂子女的可能性为一比四。
环境因素：如怀孕期间维生素的缺乏，母亲在怀孕期间感染病毒，接触X射线、激素或缓肿瘤药物、抗组胺药、烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列畸变。
综上所述，致畸因素是多种多样的，但也不十分明确，简单地可认为是一种多基因遗传性疾病。民间传说母亲在怀孕期间因剪布、钉门、搬家、移动橱柜等因素纯属臆测，不足采信。有了唇腭裂子女并不是任何人的过失，也不是父母做错了什么事，在医学研究还没找出真正原因以前，父母不需为了有这样的子女而怀有罪恶感。
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