造成胎儿畸形的原因主要有两种，一种是遗传基因缺陷导致胎儿畸形，属近亲婚配或有家族遗传性疾病者婚配最易发生此类问题;另一种是非遗传性基因缺陷导致胎儿畸形，往往是由于孕妇在怀孕期间对致畸因素忽视所致。
据美国的一项调查表明，每天浓妆艳抹者胎儿畸形的发生率是不涂浓妆者的1.25倍。对胎儿畸形发育所产生不良影响的主要是化妆品中含的砷、铅、汞等有毒物质，这些物质被孕妇的皮肤和黏膜吸收后，可透过血胎屏障，进入胎儿血循环，影响胎儿的正常发育。其次是化妆品中的一些成分经阳光中的紫外线照射后产生有致畸作用的芳香胺类化合物质。
此外，饮酒的女性，孕期精神紧张的女性，接触了有毒物或受到过辐射的孕妇， 怀孕早期发生高热的妇女和经常接近猫狗的孕妇也有可能造成胎儿畸形的可能。
当然要避免胎儿畸形，除了要注意以上几点外，还要进行必要的产前诊断，如发现胎儿畸形或有遗传病，则应及早施行选择性流产。
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