90%以上肠结核由人型结核杆菌引起。少数地区有因饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而发生牛型结核分枝杆菌肠结核。患者多有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液，可引起本病。经常和开放性肺结核患者共餐，忽视餐具消毒隔离，也可被感染。
肠结核也可因全身其他部位结核经血行播散或腹腔内结核病灶直接蔓延引起。病变以回盲部多见，这主要是因为结核杆菌容易侵犯淋巴组织，而回盲部具有非常丰富的淋巴组织;同时肠腔内容物在回盲部停留较久，使结核分枝杆菌与肠黏膜接触时间较长。增加了肠黏膜感染机会。其他部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，少数见于直肠。偶见胃结核、食管结核。
结核杆菌侵犯肠道的主要途径有：
1、胃肠道感染：为肠结核的主要感染方式，患者原有开放性肺结核，因经常吞咽含有结核菌的自身痰液而继发感染;或经常与肺结核患者密切接触。又忽视消毒隔离措施可引起原发性肠结核。结核杆菌被食入后，因其具有含脂外膜，多数不被胃酸杀灭。病菌到达肠道(特别是在回盲部)时，含有结核杆菌的食物已成食糜，有较大机会直接接触肠粘膜，同时因回盲部存在着生理性潴留及逆蠕动，更增加感染机会。加之回盲部有丰富的淋巴组织，对结核的易感性强，因此，回盲部即成为肠结核的好发部位。
2、血行播散：血行播散也是肠结核的感染途径之一。见于粟粒型结核径血行播散而侵犯肠道。
3、邻近结核病灶播散：肠结核还可由腹腔内结核病灶直接蔓延而引起，如输卵管结核、结核性腹膜炎、肠系膜淋巴结核等。此种感染系通过淋巴管播散。
结核病和其它许多疾病一样，是人体和细菌(或其它致病因素)相互作用的结果。只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较强，并有机体免疫功能异常(包括肠道功能紊乱引起的局部抵抗力削弱)时，方能致病。
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