结核杆菌侵犯肠道主要是从口感染。患者多有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含结核杆菌的痰液，而引起本病;或经常与开放性肺结核病人共餐，忽视餐具消毒隔离，也可致病;若饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，也可发生牛型结核杆菌感染。
此外，肠结核也可由血行播散引起，见于粟粒型结核，或由盆腔结核或结核性腹膜炎等直接蔓延而来。
结核病的发生与否，取决于人体和结核杆菌相互作用的结果。经上述途径而被感染仅是致病的条件，只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较大，并有机体免疫功能异常或局部抵抗力削弱时，才能发病。
肠结核的好发部位为回盲部，其他部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，少数见于直肠，偶有胃结核的报道。
结核杆菌易在回盲部引起病变，主要和下列因素有关：
(1)在正常生理情况下，肠内容物在通过回盲括约肌前，滞留于回肠末端的时间较长，加之结肠近端反蠕动，使肠内容物在盲肠逗留的时间更久，这样就增加了结核杆菌对回、盲肠粘膜接触和侵犯的机会。
(2) 回盲部有丰富的淋巴组织，而结核杆菌最易侵犯淋巴组织。
一般来说，肠结核可分为常见的溃疡型和少见的增生型两种，其病理变化随人体对结核杆菌的免疫力与过敏反应的情况而定。如果人体过敏反应强，病变以渗出性为主，当感染菌量多、毒力大，可有干酪样坏死，形成溃疡，称为溃疡型肠结核。腹泻是本型结核的常见症状之一。如果机体免疫状态良好，感染较轻，则表现为肉芽组织增生，进一步可纤维化，称为增生型肠结核，本型常以便秘为主要表现。
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