有时微生物和宿主和谐共生共存或互不侵犯，常见于热带地区发源之病毒、某些昆虫、猿、猴或其它物种，由于两方在平衡中共同演化，通常宿主已具备相当程度之抵抗力，同时这些微生物也演化出更有力的致病能力，但当这些微生物由长期共同演化的物种传染至其它毫无抵抗能力之物种时，可能会产生疾病，却对原先共存之物种不造成实质影响，尤其当转移的物种之间基因表现相似度越高，生物体内的辨识能力也较相似，此时受感染的机会也会大幅提升。换句话说，对于新接触微生物的物种若因此染病，则这个微生物对新的宿主而言是一种病原，对于原先共存之物种，这种微生物不造成疾病，则不为其病原。多数人类新兴传染病及其传播都与人为活动有关，由于环境受到改变，某些区域性的微生物可藉此取得新的生态平衡，甚至引发大流行。 病原毒力和传染之间的关系相当复杂，而且也深深影响着病原的长期演化，由于微生物和宿主之间的共同演化出新病原需要时间，在一般情况下，病原要找上先锋的攻击目标并非易事，通常需要直接地破坏环境平衡，或是藉生态变化，引发物种迁徙，甚至人为消灭之病原，可由实验室演化后释出。通常首次流行时，由于医疗、公共卫生经验不足，死亡率将最为严重，但若是快速致死的疾病，宿主很可能在病原开始蔓延之前死亡，而毒力对宿主生理运作的改变，也将影响传播的结果，例如呼吸道感染可促使患者将病原咳至空气散布，霍乱则可藉由爆炸性的腹泻增加分布的面积。
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