肾动脉闭塞的明确诊断通常靠肾动脉造影，但静脉注射造影剂螺旋形CT同样敏感和特异。放射性核素肾脏造影中肾血流减少，或在有严重血栓栓塞性疾病一侧可血流缺如。尽管肾脏造影是非侵袭性的，但对手术目的影像质量不满意。双多普勒超声检查法也很敏感和特异，但较耗费时间且高度依赖操作者的专业技能。磁共振的价值不肯定。心房颤动，近期心机梗死或创伤或过去有栓塞发作的病史;症状和体征，患侧完全缺乏排泄功能和正常的集合系统是肾梗阻的有力证据。因输尿管阻塞而致的排泄受损需要其他检查，如超声检查或排泄性尿路造影。
肾动脉部分闭塞无肾功能明显变化时，很少诊断为血栓栓塞性肾脏疾病，因为其他病因更常见。严重创伤后的急性肾衰的鉴别诊断包括横纹肌溶解，脓毒症和长时间低血压。主动脉瘤或严重动脉粥样硬化的病人中，较急性肾动脉血栓形成更多的是动脉粥样栓塞性肾脏损害。因为这些情况治疗不同，迅速诊断(最有效的是通过肾脏影像)是必要的，以保护尽可能多的肾实质。
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