从病原学来说更为复杂，它包括除了淋菌感染外的其他致病原引起的炎症。其中有沙眼衣原体中的性传播组D—K共八外血清型，分解尿素支原体、人型支原体、加特纳氏菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟氏菌、卡他奈瑟氏菌、梭状芽孢杆菌、阴道滴虫、疱疹病毒、白色念珠菌、包皮杆菌，还有鹦鹉热支原体和兰氏鞭毛虫等。支原体和衣原体大都公认为NGU的病原体。
在传染方式上有性接触和非性接触传播。因此，NGU包括了一切除了淋菌以外的病原菌引起的尿道炎、宫颈炎及阴道炎。
非淋菌性尿道炎的男性功能障碍有性功能减退、造精、早泄、不射精和阳痿等，女性主要是性欲减退。其发病原因是非淋菌性尿道炎反复发作，治疗困难，迁延数年所致。其次是精神、心里因素，也与用药过多，乱用抗生素有关。在治疗上，应及时治愈非淋菌性尿道炎并设法减轻病人精神负担，不能滥用抗生素
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