新生儿腹泻的原因可分为肠道内感染、肠道外感染和非感染性腹泻三大类。肠道内感染主要发生在人工喂养或混合喂养的新生儿，由于奶具不洁而导致病从口入。最严重的要算新生儿流行性腹泻了，它常常发生在医院里的新生儿室，病菌经过母亲产道时传给新生儿，然后由医护人员的手将细菌扩散开去。此病潜伏期短，症状重，开始时厌食、吐奶、腹胀，继之腹泻呈黄绿色水样大便，有击拍声，腥气奇臭，一天大便次数可达10天左右，很快出现脱水症状。其他像鼠伤寒沙门氏菌、轮状病毒、腺病毒等，都可引起新生儿腹泻，严重者常常威胁生命。
肠道外感染主要是由于病原体毒素的影响或神经系统发育不健全，致使消化系统功能紊乱、肠蠕动增加而引起腹泻。这种腹泻一般无粘冻、脓血和奇臭，次数较少。在新生儿患肺炎和败血症时，细菌有时也可从肠道外或血液中透过肠壁，渗入到肠道内，引起肠炎。
非感染性腹泻，多数因喂养不当引起的吸收不良，大便次数增加，有不消化奶块或呈蛋花汤样粪便。一般也无粘液或奇臭，这类腹泻去除病因即可自愈。前二类腹泻应去医院治疗。在未送医院前，可先少量多次补充煮沸过的糖盐水防止脱水。
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