有的时候，当通过各种检查方法，仍然不能明确疾病的诊断时，可通过特异性的治疗，来明确诊断，这种方法就是通过治疗，来进行鉴别诊断。
【实验室检查和其他检查】
凡怀疑者，严禁行肝穿刺作诊断，因穿刺极易造成破裂和囊液外溢，导致严重的并发症。下列检查可明确诊断：
1. 包虫囊液皮内试验(Casoni试验)：阳性率可达90%~93%。
2. 补体结合试验常为阳性。切除囊肿2~6个月后，此试验转为阴性。
3. 间接血凝法试验：特异性较高。摘除包囊一年以上，常转为阴性，可卵此确定手术效果及有无复发。
4. 嗜酸性粒细胞计数：在囊肿破裂尤其破入腹腔者，计数显著增高。
5. B超检查：外囊壁肥厚钙化时呈弧形强回声，液性暗区内可见漂浮光点反射。对诊断有很大意义。
6. CT和磁共振成像(MRI)对诊断有肯定的帮助。
【诊断和鉴别诊断】
凡有牧区居住或与狗、羊等动物有密切接触史的病人，上腹部出现缓慢生长的肿块而全身情况较好者，均应考虑到此病。通过临床表现、Casoni试验、补体结合试验、B超检查等辅助检查，诊断并不困难。但当囊肿感染后易与肝囊肿混淆。应根据病史、职业、居住史和临床表现及各种检查加以分析，进行鉴别。
从医学上来说，肝脏主要是供应能量的脏器，如果不能满足患者的能量消耗，肝脏必需快速新生肝细胞来补充必需要的数量。肝纤维化越重，炎症破坏越猛，新生的肝细胞越多越幼稚，这些幼稚的新生肝细胞就会产生AFP。肝癌细胞是最最幼稚的原始肝细胞，产生的AFP会比其他肝病多许多，但小肝癌的AFP水平也可以不很高;重度活动性肝硬化的AFP也可以高到1000以上，单独一次AFP检查不容易确定是不是肝癌。
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