有的时候，当通过各种检查方法，仍然不能明确疾病的诊断时，可通过特异性的治疗，来明确诊断，这种方法就是通过治疗，来进行鉴别诊断。
【实验室检查和其他检查】
1. 血清甲胎蛋白(AFP)检测对原发性肝细胞癌有相对的专一性。肝功能检查可了解肝脏损害程度，肝功能不正常多提示病变属晚期或合并有严重肝硬化，对能否手术有指导意义。
2. B型超声可显示肿瘤大小、形态、所在肝脏部位以及肝静脉或门静脉有无癌栓，其分辨低限为2cm~3cm;目前造影超声逐渐开展，对鉴别肝脏占位性质有较大的帮助。
3. CT具有较高的分辨率，可检出1.0cm左右的早期肝癌，能明确显示肿瘤的位置、数目、大小及与周围脏器和重要血管的关系，对判断能否手术切除很有价值。平扫下肝癌多为低密度占位，边缘有清晰或模糊的不同表现，部分有晕圈征，大肝癌常有中央坏死液化。应用动态增强扫描对肿瘤显示更清晰并对鉴别肝癌或血管瘤有较大价值。
4. 磁共振成像(MRI)对良、恶性肝内占位，尤其与血管瘤的鉴别可能优于CT。
5. 肝癌的肝动脉血管造影主要特征是显示增生的肿瘤血管团，肿瘤染色，阴影缺损，动脉变形、移位、扩张以及动静脉瘘等。
6. 放射性核素肝扫描常可见肝大，失去正常的形态，在占位性病变处表现为放射性稀疏或缺损区。
7. 肝穿刺活检可直接获得病理材料，对确诊有一定帮助，但可能造成针道的肿瘤种植，除非很有必要，一般慎用。
从医学上来说，肝脏主要是供应能量的脏器，如果不能满足患者的能量消耗，肝脏必需快速新生肝细胞来补充必需要的数量。肝纤维化越重，炎症破坏越猛，新生的肝细胞越多越幼稚，这些幼稚的新生肝细胞就会产生AFP。肝癌细胞是最最幼稚的原始肝细胞，产生的AFP会比其他肝病多许多，但小肝癌的AFP水平也可以不很高;重度活动性肝硬化的AFP也可以高到1000以上，单独一次AFP检查不容易确定是不是肝癌。
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