肝癌的诊断鉴别方法主要包含甲胎蛋白和肝脏影像学两种方法。甲胎蛋白更较为常见，也最为简单、实用。如果病毒性肝病合并AFP> 400 μg/L就可高度怀疑肝癌的可能性，尽早配合完善影像学相关检查，做到早发现、早诊断、早治疗至关重要。常用的诊断肝癌有4肿方法：
首先，最常用的方法是肝脏超声检查。此项为非侵入性检查，其操作简单、直观方便、准确无创、费用低廉、普及广泛，对人体组织无任何伤害，可用于肝癌普查和治疗后的随访。
其次，CT检查已被称为肝癌诊断的常规重要手段。腹部CT增强扫描可清晰地体现肝癌大小、形态、数量、部位、边界、肿瘤血供丰富程度以及与肝内管道的关系等，对进一步明确诊断和与其他良性肝脏占位性病变相鉴别，同时明确肝癌的分期分级，指导治疗及判断预后等都具有重要意义。
再次，肝脏特异性MRI检查，能够有效提高小肝癌的检出率并与肝脏局灶性增生结节、肝腺瘤等鉴别有很大帮助，可作CT检查的重要补充方法。
最后，选择性肝动脉造影检查，此项为侵入性检查。因肝癌以肝动脉供血为主，所以选择肝动脉造影可了解肝脏的小病灶及肿瘤血供情况，明确诊断后还可通过碘油注射方式堵塞肿瘤供养血管，进而达到治疗的目的，适用于其他检查后仍未确诊患者。
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