鉴别这两种病的方法有如下几点：
一、症状特点：慢性结肠炎有腹泻和脓血便症状;而结肠息肉80%无症状，20%有症状者其症状主要是腹泻和血便(潜血阳性或肉眼血便)，一般便中无脓。
二、病变特点：用结肠镜检查，慢性结肠炎的病变范围广，严重并发症多(如穿孔、大出血、巨结肠等)，肠道病变主要是充血、水肿、糜烂溃疡和假息肉形成;结肠病变主要是息肉形成，肠粘膜一般无其它异常。
三、息肉特点：通过结肠镜对息肉取材活检，根据其组织结构，结肠息肉主要可分为三型：结肠腺瘤样息肉(又称新生物息肉)，炎症性息肉，化生(增生)性息肉。慢性结肠炎的息肉，是炎症水肿的粘膜被周围下陷的深溃疡或纤维组织所包围而形成的隆起物，不是真正意义上的息肉，故又称假息肉。
四、癌变特点：结肠息肉主要发生于结肠腺瘤样息肉型，炎症型和化生(增生)性息肉型癌变率则很低;慢性结肠炎时的假息肉不会癌变。此病的发生是来自溃疡，原因不十分清楚，可能与溃疡旁增殖的上皮细胞数量增多有关，因这些细胞DNA酶含量增高，代谢分裂活跃，具有不成熟细胞的特点。
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