一、西医
手术治疗：卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及患者的主观愿望等因素而定。
1、良性卵巢囊肿的手术治疗：
①卵巢囊肿切除术 此种患者多无月经障碍，甚至有合并妊娠者，有的一侧肿瘤较显着，则可行患侧输卵管卵巢切除术。
②输卵管卵巢切除术 一侧卵巢囊肿发生于年龄较大(45岁以上)患者，双侧卵巢囊肿多行一侧或双侧输卵巢切除术，患者周身情况不能胜任或炎症严重者常行全子宫切除术，值得注意的是关于较大卵巢囊肿的手术处理，应不计切口大小，以完整切除为宜，以免破患者脉搏内容物溢入腹腔或切口，术中要注意患者脉搏呼吸，血压的变动，必要时加速输液或输血，输氧，更要预防早期发现急性胃扩张，麻痹性肠梗阻以及由此而引起的水，电解质平衡失调与血液化学改变。
③附件及全子宫切除 发生于近绝经期或绝经期妇女的一侧或双侧卵巢囊肿，患者全身情况不能胜任，均以行双侧附件及全子宫切除为宜，但会严重影响内分泌失调。
1、恶性卵巢囊肿的手术治疗：
①多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆，腹腔转移灶。由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式或包饺子式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。
②对于合并腹水的卵巢恶性肿瘤，不论是否全部切除，均宜在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射缓癌药剂或放射性胶体金或胶体磷。
现代医学一般采用手术切除囊肿，痛苦大，潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作，学习和生活有一定影响，放疗，化疗易损伤正气及机体正常细胞，使患者免疫功能降低，痛苦较大，费用也大，激素类药物易引起肝，肾等其他脏腑功能正常，也会对药品产生依赖性。对卵巢囊肿的治疗基本上分为保守疗法和开刀抽取疗法。患者不到万不得已较好不开刀治疗卵巢囊肿，一但切除了卵巢输卵管和子宫，对女士的身体生理和精神都有不同程度的影响。卵巢囊肿不要刺激它也不要随便就进行抽取，很多患者反映越抽囊肿长的越快。科学的办法应该是选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。
二、中医
1、中药治疗：中医中药从整体观入手，对机体的气血，经络，脏腑功能进行全面调理，以达气血，经络之通畅，阴阳之平衡的升降浮沉原理，使正气内存，邪不可干的祛邪外出之功。
中药采用调节内分泌，强增免疫辩证施治的方法，采用“软坚散结、活血化瘀、扶正固本”的治疗原则治疗卵巢囊肿，服药方便，见效快，费用低，愈后基本不复发，达到了治病求本、标本兼治的治疗效果.不开刀治疗卵巢囊肿，在临床上取得了很大的进展，取得了很好的疗效。
中医治疗卵巢囊肿组成方：
海藻 12克，白芥子 10克，三棱 10克，苡仁 20克，桃仁 10克，夏枯草 20克，南星 6克，赤芍 12克。
功能：理气行滞、活血祛痰、软坚消肿。
主治：适用各种囊肿，尤其对卵巢囊肿效果显著，对子宫肌瘤、畸胎瘤、肝肾等囊肿也有一定的疗效。
用法：水煎服，药液为 600毫升，每服 300毫升，每日 2次，10天为 1个疗程，1～ 2个疗程B超 1次，如有疗效，服药可直到肿瘤消失为止。用药 3个疗程，肿瘤继续增大者为无效，可做CT检查进一步明确诊断另做治疗。
方解：方中三棱、桃仁、赤芍理气行滞、活血祛瘀 ,海藻、夏枯草、白芥子能消痰软坚、散结消肿，南星、苡仁化湿祛痰，白芥子与海藻配合能消除黏腻之阴邪，以上诸药配伍，能使痰湿化，气血通，囊肿消也。
偏虚寒者加肉桂、炮姜、鹿角胶;偏气虚者加黄芪、党参、白术;偏血虚者加熟地、当归、阿胶;偏痰湿者加云茯苓、苍术、土茯苓;偏血瘀者加水蛭、地鳖虫、泽兰;偏气郁者加香附、郁金、橘核;偏郁热者加丹皮、黄柏、大黄;偏痛重者加元胡、川楝子、乳香、没药、炮山甲;偏肾虚腰痛者加杜仲、枸杞等。如果突然出现小腹剧烈疼痛时，要及时做B超检查看其肿瘤有扭转否，如有扭转要及时手术治疗。
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