大部分囊肿是由于卵巢的正常功能发生了改变而引起的，所以绝大部分卵巢囊肿都是良性的。那么，卵巢囊肿具体的病因是什么呢?
下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，临床上很多患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。体腔上皮反复受经血激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织形成子宫内膜异位症，80%的子宫内膜异位症发生在卵巢与卵巢生发上皮的化生潜能有关，但目前很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位。
卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒—卵泡膜细胞瘤、睾丸母细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。
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