流行季节有腹痛，腹泻及脓血样便者即应考虑菌痢的可能，急性期病人多有发热，且多出现于消化道症状之前，慢性期病人的过去发作史甚为重要，大便涂片镜检和细菌培养有助于诊断的确立，乙状结肠镜检查及X线钡剂检查，对鉴别慢性菌痢和其他肠道疾患有一定价值，在菌痢流行季节，凡突然发热，惊厥而无其他症 状的患儿，必须考虑到中毒型菌痢的可能，应迟早用肛试取标本或以盐水灌肠取材作涂片镜检和细菌培养。
细菌性痢疾的鉴别诊断：
(一)流行病学史：病人有不洁饮食或与菌痢病人接触史。
(二)症状体征
1.急性非典型菌痢：症状轻，可仅有腹泻、稀便。
2.急性典型菌痢：急性起病、腹泻(排除其他原因)、腹痛、里急后重、可伴发热、脓血便或粘液便、左下腹部压痛。
3.急性中毒型菌痢：发病急、高热、呈严重毒血症症状，小儿发病初期可无明显腹痛腹泻症状，常需经灌肠或肛拭做粪检，才发现是菌痢。根据主要临床表现有以下类型：
休克型(周围循环衰竭型)：有感染性休克症状，如面色苍白、四肢厥冷、脉细速、血压下降、皮肤发花、发绀等。
脑型(呼吸衰竭型)：有脑水肿表现，如烦躁不安、惊厥、嗜睡或昏迷、瞳孔改变，甚至出现脑疝、呼吸衰竭。
混合型：同时出现脑型、休克型的征候，是最凶险的一型。
4.慢性菌痢：急性菌痢者病程超过2个月以上为慢性菌痢。
(三)实验室检查
1.粪便常规检查，白细胞或脓细胞≥15/HPF(400倍)，可见红细胞。
2.病原学检查，粪便培养志贺菌属阳性为确诊依据。
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