治疗慢性细菌性痢疾的需长期、系统治疗。应尽可能地多次进行大便培养及细菌药敏试验，必要时进行乙状结肠镜检查，作为选用药物及衡量疗效的参考。
1. 抗生素的应用
首先要抓紧致病菌的分离鉴定和药敏检测，致病菌不敏感或过去曾用的无效药物暂不宜采用。大多主张联合应用两种不同类的抗菌药物，剂量充足，疗程须较长且需重复1～3疗程。可供选用药物同急性菌痢。
2.菌苗治疗：应用自身菌苗或混合菌苗。
3.局部灌肠疗法
使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
4.肠道紊乱的处理：可酌情用镇静、解痉剂。
5.肠道菌群失调的处理：限制乳类和豆制品。
本型来势迅猛，应及时针对病情采取综合性措施抢救。
1.抗菌治疗：采用庆大霉素或阿米卡星与氨苄西林静脉注射。
2.高热和惊厥的治疗：控制高热与惊厥退热可用物理降温。
3.循环衰竭的处理
⑴扩充血容量：因有效循环血量减少，应予补充血容量，可快速静脉输入低分子右旋糖酐或葡萄糖氯化钠溶液。
(2)抗凝治疗：有DIC者采用肝素抗凝疗法。
(3)肾上腺皮质激素的应用：氢化可的松每日5～10mg/kg静脉滴注，可减轻中毒症状、降低周围血管阻力、加强心肌收缩、减轻脑水肿、保护细胞和改善代谢，成人200～500mg/日，一般用药3～5天。
(4)血管活性药物的应用：山莨菪碱、阿托品。
(5)强心治疗：有左心衰和肺水肿者，应给予西地兰等治疗。
4.治疗呼吸衰竭
应保持呼吸道通畅、给氧、脱水疗法(如应用甘露醇或山梨醇)、严格控制入液量。必要时给予山梗菜碱、尼可刹米等肌注或静注。重危病例应给予呼吸监护，气管插管或应用人工呼吸器。
5.纠正水与电解质紊乱
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