由于肾结石比其他任何部位结石更易直接损伤肾脏，因此早期诊断对肾结石患者来说非常重要，对任何尿石患者的诊断都应包括患者病史，如有没有结石、结石的数量、结石的部位、结石可能的成分、有无合并症及结石形成的原因等，除此之外患者的体征也是诊断肾结石的重要依据。
病史
由于肾结石是多因素的疾病，因此患者的病史对诊断肾结石可起到重要的作用。应尽量详细地了解职业、饮食饮水习惯、服药史，既往有无排石的情况及有无痛风、原发性甲状旁腺功能亢进等病史。具体包括饮食和液体摄入，如肉类、奶制品的摄入等;药物;感染，如尿路感染;全身疾病，如原发性甲状旁腺功能亢进、肾小管酸中毒、痛风、肉状瘤病等都可以引起肾结石;既往的手术史。
体征
一般情况下肾结石患者并没有明确的阳性体征或仅有轻度的肾区叩击痛。肾绞痛发作时，患者躯体屈曲，腹肌紧张，脊肋角有压痛或叩痛。肾绞痛缓解后，也可有患侧脊肋角叩击痛。肾积水明显者在腹肌放松时可触及增大的肾脏。
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