临床上，生殖器疱疹可通过细胞学检查，取材后直接涂片，作Wright染色、Giemsa染色或Papanicolaou染色。在多核巨细胞的胞核内找到嗜酸性包涵体时有助于诊断。此法敏感性仅50%～80%，且不具特异性，疾病初期阳性率高，后期阳性率较低。
一、病原学检查：
(1)HSV检查：用荧光素标记的抗HSV-1和抗HSV-2抗体作直接免疫荧光试验，可区分HSV的型别。
(2)HSV抗原检查：也可用间接免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验、蛋白印迹试验或放射免疫试验检测HSV抗原。
(3)HSV核酸检查：包括核酸探针检测法和核酸扩增检测法，后者又分PCR和LCR，敏感性和特异性均强，且快速、简便，对检测材料要求低。
(4)HSV培养分离：常用细胞培养法，主要用于HSV的进一步鉴定。
(5)电镜检查：取水疱液或病变脑组织制片，在电镜下观察病毒颗粒，阳性率为50%，但HSV与其他疱疹病毒在形态上难以区分。免疫电镜检查较为特异。
二、培养法：
从水疱底部取材做组织培养分离病毒，为目前较敏感、最特异的检查方法，需5-10天，因其技术条件要求高，?鄹癜汗螅荒芷毡槭褂谩?
三、抗体检测：
目前最广泛的是HSV-2抗体检测，如蛋白印迹法也可用gD2作抗原检测HSV-2抗体，具有敏感性，且能区分HSV-1和HSV-2的优点。
四、血清学检查：
主要用于检测抗HSV-1和抗HSV-2抗体，诊断HSV的原发性感染，进行HSV感染的血清流行病学调查。可采用免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验、免疫印迹试验和放射免疫试验等法检测。在现代，用HSV-2 gD2糖蛋白作抗原检测抗HSV-2抗体，用HSV-1 gDl或gC糖蛋白作抗原检测抗HSV-1抗体，敏感性高，并且可区分抗HSV-1与抗HSV-2抗体。但是，此类检查只能说明患者发生过HSV显性或隐性感染。
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