尖锐湿疣诊断主要依据有接触传染病史、发病部位、临床表现、临床试验及实验室有关检查来确定。大多数病例，根据尖锐湿疣的发病部位及典型临床特征不难做出诊断，少数病例还需要进一步实验室检查来确诊。
病史：需要仔细说明是否有接触传染病史，并重点了解其性伙伴有无尖锐湿疣及有无其他性伴侣及性活动方式。尖锐湿疣患者多有异常或非婚姻性生活史或有与尖锐湿疣患者、HPV感染者性接触或公用毛巾、衣物、盆等物品的病史。
部位：好发部位是男女性生殖器以及肛门部位。此外，一些特殊的部位如口腔、咽喉等部位的尖锐湿疣在特殊人群中应注意。在检查尖锐湿疣发病部位过程中，不要只检查患者所述病变部位，还要对患者进行较全面的检查。
临床表现：在检查过程中要仔细观察损害分布、形态、大小、颜色、表面情况等。典型损害呈菜花型，颜色鲜红、淡红或少数呈污灰色，病变组织脆，擦拭后容易出血。非特征性损害其表面亦多呈疣状外观、不光滑或呈颗粒状突起等。
临床试验：目前多用醋酸白试验。醋酸白试验阳性对尖锐湿疣诊断有较为重要的意义。
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