软下疳的诊断要根据发病前的性接触史，尤其是不洁性交史，典型的临床表现和经过，较短的潜伏期后发生软而扁的丘疹、脓疱、溃疡，单侧性的化脓性淋巴结炎，直接镜检和培养检出杜克雷嗜血杆菌，PCR检测杜克雷嗜血杆菌DNA，即可作出诊断。
一、细菌学检查
嗜血杆菌属革兰氏阴性杆菌，培养条件显示多形性特征，易染性，此菌无芽孢，无运动。
1、镜检：从软下疳开放性溃疡取材涂片标本染色，杜克雷嗜血菌易检出，未破溃病灶从脓肿或横痃中穿刺，取其穿刺液涂片标本染色也易检出，更为典型，用美蓝染色或革兰氏染色等镜检用10×100倍油浸观察。
2、培养检查：软下疳菌分离培养较为困难，故在采取病变材料时应注意取软下疳溃疡边缘下贮留脓汁或穿刺横痃抽吸的脓汁作为检体，或再用生理盐水充分洗涤溃疡底面后，再用生理盐水湿棉签涂抹标本送化验室培养。
国际上软下疳的标准培养基一种是gchgs(hammond gonococcal media)，由淋球菌琼脂培养基加牛血红蛋白、胎牛血清、万古霉素及纤维素、氨基酸等组成;另外一种是mhhb(muller-hinton琼脂，由muller-hinton 琼脂、马血、万古霉素及其他培养成份组成)，上述两种培养基可以同时应用，以提高阳性率。
菌落常于接种后24-48小时形成。色灰黄而透亮，直径约为1-2mm。从菌落处取材作革兰染色阴性，为成双的短杆菌，成链状排列。同时应作生化反应以鉴定之。主要有：氧化酶试验弱阳性，过氧化酶试验阴性，非卟啉试验阴性，硝酸盐还原试验阳性，硷性磷酸酶试验阳性。
杜克雷嗜血杆菌的培养不仅有助于诊断，而且可确定分离的细菌对抗生素的敏感性，目前已分离出耐抗生素的杜克雷嗜血杆菌。
二、血清学诊断软下疳
感染杆克雷嗜血杆菌能产生抗体，通过血清学检查，不论是补体结合，凝集反应以及荧光抗体间接法等均可证实，但尚未推广，目前认为igm抗体敏感性为74%，igg抗体敏感性为94%，其特异性分别为84%和64%。
三、pcr检测杜克雷嗜血杆菌。
此外，鉴别诊断本病常被误诊为生殖器疱疹，生殖器疱疹在疱疹阶段出现多发性，成群生性水疱，检菌阴性，其次与硬下疳作鉴别时，需注意梅毒的硬下疳较硬，脓性分泌物少，无痛。以及除外其他急性外阴性溃疡等。
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