新生儿沙眼衣原体结膜炎一般出现在生后5-14天发病，胎盘早破者的新生儿可在生后2天左右发病。该病的临床特点为眼睑结膜充血肿胀明显，并有大量分泌物流出(流泪)，最初为浆液性分泌物，稀薄，以后转为脓性分泌物，粘稠。与淋病性结膜炎比较，新生儿沙眼衣原体结膜炎的预后比较好一些，一般不会侵犯角膜，也不会发生角膜穿孔，造成失明者极为罕见。且大多数自然病程较短，持续2-3周后充血肿胀减轻，分泌物显著减少，直至痊愈，很少会转为慢性和留有后遗症。
沙眼衣原体结膜炎是新生儿最为常见的结膜炎类型之一。因此，对于那些出生不久便出现眼睑红肿，流泪，特别是有大量脓性分泌物，以及眼睑结膜表面有伪膜形成时，必须及时做病原学检查，以尽快明确病因，了解是否为沙眼衣原体感染所致。
一旦确诊为新生儿沙眼衣原体结膜炎，必须予以正规治疗。治疗原则是将局部用药和全身用药结合起来，以缩短病程，减少并发症和避免转为重症和慢性病，防止留有后遗症。
应当充分认识新生儿沙眼衣原体结膜炎的发生大多源于孕妇，即孕妇感染沙眼衣原体后引起宫颈炎或子宫内膜炎，由此就有可能在新生儿娩出过程中使新生儿受到接触感染而致病。国外有关资料表明，孕妇患沙眼衣原体宫颈炎，其分娩的新生儿大约有23%—70%感染率，其中约18%—50%可引起新生儿沙眼衣原体结膜炎。所以、预防新生儿沙眼衣原体结膜炎的主要措施就是积极防治孕妇沙眼衣原体感染。
沙眼衣原体是一种与性传播有关的病原体，多数通过不洁性交传播，少数是由于接触了被污染的衣物、器具和水源而受到传染。因此，对于育龄妇女来说，必须加强自我保护，重视性卫生和性安全环节，避免任何形式的不洁性交行为，避免接触那些受到污染的物品。
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