口腔溃疡的发生原因有以下几方面：
1、病毒感染：
最近经临床及免疫研究，已确定其病原为病毒感染，导致口腔溃疡的病毒分别为人类巨细胞病毒和ER病毒。这类病毒属于原发性病毒，人类感染后即存在体内，藏在表皮下的血管中，并在细胞核中繁殖。人们一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足、免疫力差等，就会激活潜伏在体内的病毒，溃疡会复发或加重。
2、营养免疫因素：
口腔溃疡、特别是复发性口腔溃疡，与免疫有着很密切的关系。免疫缺陷，营养不良、偏食，维生素缺乏;微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等缺乏，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。
3、精神压力因素：
现代人生活紧张、精神压力大、过度疲劳、神经功能紊乱失调等，是口腔溃疡形成的重要因素。口腔溃疡患者有许多是在过度疲劳后发病的。睡眠不足、体质下降，也是口腔溃疡的形成因素。
4、内分泌因素：
有些女性患者往往在月经期发生口腔溃疡，更年期妇女发病率也升高，可能与体内雌激素量下降有关。
5、遗传因素：
在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向，父母一方或多方若患有复发性口腔溃疡，他们的子女就比一般人更容易患病。
6、疾病因素：
口腔溃疡的发作，常常还与一些疾病或症状有关，如消化系统疾病胃溃疡，十二指肠溃疡，肝炎，结肠炎、胃肠功能紊乱引起的消化不良，腹泻、便秘等，另外还与贫血，发热等有关。
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