支原体的发病病因是以性传播为主。也会有生活用品不结被感染的。成年人的发病原因主要是性传染引起，男性的支原体感染部位在尿道粘膜上，如没有及时治疗会上行感染引起支原体感染性前列腺疾病;女性首先感染在宫颈，如没有及时治疗上行感染导致子宫、盆腔、输卵管疾病;新生儿新生儿则由母亲生殖道分娩时垂直感染。引起结膜炎和肺炎，也会引起泌尿生殖系统感染。
支原体只能粘附在呼吸道或泌尿生殖道的上皮细胞表面的受体上，而不进入组织和血液。支原体引起细胞损害的原因为：粘附于宿主细胞表面的支原体从细胞吸收营养，从细胞膜获得脂质和胆固醇，引起细胞损伤。支原体代谢产生的有毒物质，如溶神经支原体能产生神经毒素，引起细胞膜损伤;脲原体含有尿素酶，可以水解尿素产生大量氨，对细胞有毒害作用。
支原体除可以粘附于细胞、巨噬细胞表面外，还可以粘附于精子表面，从而阻止精子运动，其产生神经氨酸酶样物质可干扰精子与卵子的结合。这就是支原体感染引起不育不孕的原因之一。
解脲水解尿素会产生氨，毒害细胞，粘附于细胞、巨噬细胞表面，所以还会粘附于精子表面，使精子笨重，导致精子活动率差导致支原体感染性男性不育，这是支原体感染引起男性不育的发病原因之一。
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