先天性房间隔缺损和其他先天性心脏病一样，现阶段以为是遗传和环境起因等复杂联系相互作用的结果，下列起因可能影响到胎儿的发育情况从而致使先天性的畸形。
1.胎儿发育的环境起因:
感染：妊娠前三个月患病毒或细菌感染,尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿先天性心脏病的发作率较高。所以在妊娠前应该注意身体状况，避免病毒或者细菌感染。
其它：如羊膜的病变，胎儿受压，妊娠早期先兆流产，母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大等均有使胎儿发生先天性心脏病的可能。
2.遗传起因：多数的先天性心脏病是由多个基因与环境起因相互作用所形成。
3.其它：有些先天性心脏病在高原地较多，有些先天性心脏病有明显的男女士别间发作差异，说明出生地海拔高度和性别也与本病的发生有关。
在先天性心脏病病人中，能查到病因的是极少数，但加强对孕妇的看护，特殊是在妊娠早期积极预防风疹、流感等风疹病毒性疾病和避免与发作有关的一切起因，对预防先天性心脏病具有积极意义。
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