生殖器念珠菌病的病原菌大部分为白色念珠菌，还有部分为其他念珠菌和球拟酵母。目前球拟酵母感染所致的病例越来越多，应引起重视。
念珠菌广泛存在于自然界，是人体正常菌群之一，主要寄生于口腔、皮肤、阴道和内脏等处。正常人群白念珠菌的带菌率可高达40%。从阴道粘膜分离出来的念珠菌85%-90%为白念珠菌。而白念株菌的致病性最强。
念珠菌属于真菌界半知菌亚门——芽孢菌纲——隐球酵母目——隐球酵母科。是双相型单细胞酵母菌，是一种条件致病菌。在人体中，无症状时常表现为酵母细胞型。侵犯组织和出现症状时常表现菌丝型。
在正常情况下，寄生在人体内的念球菌呈酵母细胞型，一般不致病，但如在某些因素，如糖尿病、妊娠、口服避孕药、抗生素及皮质激素的使用后，使机体免疫力降低或局部环境发生变化时，就可引起念珠菌大量繁殖发展为菌丝型，侵犯组织而产生病变，生成生殖器念珠菌病。
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