小肠恶性肿瘤的确切病因尚不清楚，某些致癌物质的作用、机体免疫功能减退、癌前期疾病的小肠腺瘤，特别是绒毛状腺瘤与小肠癌的发生密切相关，以下是关于小肠恶性肿瘤的的病因分析。
1、小肠肿瘤的发生尚与其他遗传性疾病，如家族性息肉病、P-J综合征等有一定相关性，基因突变、遗传不稳定是重要的发病机制之一，国外近来研究表明Crohn病与小肠癌密切相关。小肠长度占全消化系长度的70%—75%，而小肠肿瘤仅占消化系肿瘤的1% N6%。
2、小肠肿瘤发病率低的原因目前认为可能有以下几点：
①小肠腔内pH呈碱性，不利于肿瘤生长。
②含胚胎性残留组织少，产生和演变为肿瘤也少。
③小肠内容物为液体，可稀释致癌物质，加上小肠蠕动快、排空迅速，其潜在致癌物质与小肠黏膜接触时间短，致癌性不强。
④小肠黏膜内含有高浓度的苯并芘羟化酶，可使苯并芘致癌化合物解毒，或转变成低活性的化舍物，使小肠黏膜免受其害。
⑤小肠中菌群较少，尤其是厌氧菌，使某些需要细菌参与代谢的致癌物质明显减少，在小肠内不易发挥作用。
⑥小肠黏膜存在特殊的免疫系统，具有高度的缓肿瘤生长酶特性。
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