脊柱炎的病因商务定论，大多认为脊柱炎与遗传因素、感染因素、免疫环境因素等有关。目前本病病因未明，尚无一种学说能完满解释脊柱炎的全部表现，很可能在遗传因素的基础上受环境因素(包括感染)等多方面因素的影响而致病。
脊柱炎的发病原因：
1、遗传因素在脊柱炎的发病中具有重要作用。据流行病学调查，脊柱炎患者HLA-B27阳性率高达90%～96%，而普通人群HLA-B27阳性率仅4%～9%。HLA-B27阳性者脊柱炎发病率约为10%～20%，而普通人群发病率为1%～2%，相差约100倍。
2、感染近年来的研究提示，脊柱炎发病率可能与感染有关。发现脊柱炎患者在脊柱炎活动期中肠道肺炎克雷伯杆菌的携带率及血清中针对该菌的IgA型抗体滴度均较对照组高，且与病情活动呈正相关。有人提出克雷伯杆菌属与HLA-B27可能有抗原残基间交叉反应或有共同结构，如HLA-B27宿主抗原(残基72～77)与肺炎克雷伯杆菌(残基188～193)共有同源性氨基酸序列，其他革兰阴性菌是否具有同样序列则不清楚。
3、免疫化学分析发现，HLA-B27阳性Reiter综合征患者约50%血清中有抗体与这种合成的肽序列结合，HLA-B27阳性脊柱炎患者有29%，而对照组仅有5%。据统计，83%的男性脊柱炎患者合并前列腺炎，有的学者发现约6%的溃疡性结肠炎患者合并脊柱炎，其他报道也证实，脊柱炎患者中溃疡性结肠炎和局限性肠炎的发生率较普通人群高许多，故推测脊柱炎可能与感染有关。
4、其他有人发现，60%脊柱炎的患者血清补体水平增高，大部分病例有IgA型类风湿因子，血清C4和IgA水平显著增高，血清中有循环免疫复合物，但抗原性质未确定。以上现象提示，免疫机制参与本病的发病。创伤、内分泌、代谢障碍和变态反应等亦被疑为发病因素。
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