临床上治疗细菌性肺炎主要用的就是抗生素。药物选择是基于患者疾病严重程度，宿主因素(如合并症，年龄)，和推测病原体。虽然目前并不支持静脉注射青霉素，但2-2.4千万 U/d的剂量范围使得其血清水平超过大多数耐药肺炎球菌的MIC。
必须熟知 细菌性肺炎的常用抗生素：
门诊/住院细菌性肺炎的患者抗生素治疗：
门诊细菌性肺炎患者通常口服抗生素进行治疗。大多数情况下，住院患者通常静脉注射抗生素治疗。这种合理性并不排除临床医生对急诊患者静脉注射抗生素治疗，之后患者回家口服抗生素。应根据患者的病情、感染程度和微生物对抗生素敏感性决定抗生素使用剂量和给药途径。对轻度、门诊患者而言，比较合理的疗法是口服广谱大环内酯类或阿莫西林-克拉维酸(奥格门汀)。若细菌性肺炎患者具有合并症或对一线药物过敏，或为获得较好的依从性，可替代使用口服氟喹诺酮类抗生素。入院患者应进行静脉(IV)治疗，单独使用三代头孢或联合使用大环内酯类。可替代使用IV氟喹诺酮类。
小儿细菌性肺炎的抗生素治疗：
以下讨论的部分是对5岁以上个体的用药。5岁以上儿童，细菌性肺炎初始治疗包括IV氨苄西林或萘夫西林+庆大霉素或头孢噻肟。可单独使用头孢曲松或头孢噻肟(>25天至5岁儿童)。替代性治疗方案包括耐青霉素酶青霉素+一种抗假单胞菌氨基糖苷类。门诊儿童轻至中度细菌性肺炎的治疗通常包括与治疗急性中耳炎相似的药物。这类患者大多是由病毒引起的。若儿童具有胸片浸润和/或痰革兰氏染色阳性可说明病原体为细菌。在一些情况中，很多临床医生使用阿莫西林作为初始经验性治疗，但其缺乏某些抗菌谱，主要因为非病毒性肺炎的此年龄段儿童通常是由肺炎链球菌和支原体起因的。两岁以下儿童由于免疫反应不完整，可能仍是感染B型流感嗜血杆菌的高危人群。门诊患者的典型治疗方案可能包括新型大环内酯类或二代或三代头孢。
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