输尿管结石多数来源于原发的肾结石，由于重力以及尿路的蠕动作用而下降进入输尿管。所以输尿管结石的成分也与肾结石相同，以草酸盐结石为主，其次为尿酸结石。输尿管结石形成后会对输尿管产生各种继发性损害，损伤程度视结石的大小、形状、部位、病史等而定。主要的继发病变有尿路梗阻、继发感染和上皮损伤等。
1.尿路梗阻：由于输尿管管腔狭窄，而且还有生理性狭窄，小的结石很容易在这些狭窄部位停留造成嵌顿。输尿管结石很少会造成完全梗阻，由于结石通常为不规则的枣核形状，所以尿液一般可以从结石周围通过。依身高的不同，成人输尿管全长大约22～30cm不等。输尿管的直径不一，解剖上有3个生理性狭窄：肾盂输尿管连接部内径约2mm;输尿管跨越髂血管处内径约4mm;输尿管膀胱连接部内径约3～4mm。输尿管最狭窄的部分是通过膀胱黏膜下通道进入膀胱的部分，即输尿管膀胱壁段。
2.继发感染：在结石部分或者完全梗阻时容易发生，由于结石损伤输尿管黏膜甚至造成溃疡，降低局部组织对感染的抵抗力，常常在嵌顿的部位发生输尿管炎及输尿管周围炎。由于输尿管炎性纤维增生和管壁增厚，使管腔狭窄严重，加之结石与黏膜的炎性粘连，结石更加不易排出。后期随着炎症的加重和蔓延，还可能产生严重的肾盂肾炎，加速肾脏损害的进程。少数患者由于严重的化脓性感染，结石可能自行穿透输尿管壁排出腔外，并且出现尿外渗。
3.上皮损伤：由于结石的活动和管壁的蠕动，更易对输尿管黏膜造成直接损伤，发生黏膜上皮充血、水肿、坏死和脱落，并形成溃疡及炎性纤维增生，管壁增厚，管腔狭窄。
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