由于胸腺癌与鼻咽、肺、肾、唾液腺、生殖器、直肠的前纵隔转移腺癌具有很大的相似性，不管怎样只要是诊断为胸腺癌的病例，界定原发胸腺外癌瘤的详尽临床资料必须加以考虑。
胸腺癌的鉴别诊断介绍如下：
1.前纵隔转移腺癌：由于胸腺癌与鼻咽、肺、肾、唾液腺、生殖器、直肠的前纵隔转移腺癌具有很大的相似性，胸腺癌与其胸腔外“拟态”具不同超微结构的惟一形式是胸腺的清亮细胞癌;与肾和女性泌尿生殖器官管道的清亮细胞不同的是，胸腺清亮细胞癌包含大量的胞质张力丝和结构完好的胞粒小体，微丝形成缺乏和大量糖原质。然而，不管怎样只要是诊断为胸腺癌的病例，界定原发胸腺外癌瘤的详尽临床资料必须加以考虑。
2.淋巴上皮瘤样鳞癌：与胸腺区域内大细胞淋巴瘤的相似性。一般在胸腺癌是对细胞角蛋白和EMA阳性而CLA阴性。
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