病原学诊断是病毒性肝炎诊断的重要内容，在临床医师提供患者的临床诊断信息和适当的临床标本，并尽可能获得流行病学资料的情况下，进行微生物检验和药敏试验，及时、全面地分析检验结果，可为临床提供准确的病原学诊断，方便对患者作出恰当的处理。对于丙型肝炎来说，其病原学诊断主要包括：
1、流行病学资料
有输血及血制品、静脉**、血液透析、多个性伴侣、母亲为HCV感染等病史的肝炎患者应怀疑丙型肝炎。
2、临床诊断
肝炎患者的临床表现较为复杂，诊断时应认真分析。根据患者的不同表现特点可将其分为急性肝炎、慢性肝炎、重型肝炎、淤胆型肝炎、肝炎肝硬化等多种类型，诊断时应根据患者的病史、临床表现等多方面内容综合分析考虑。
3、病原学诊断
恰当的标本采集是感染性疾病诊断的最为重要的一个步骤，临床医师提供患者的临床诊断信息和适当的临床标本，尽可能获得流行病学资料的情况下，进行微生物检验和药敏试验，及时、全面地分析检验结果，可为临床提供准确的病原学诊断，对患者作出恰当的处理。对于怀疑为丙肝的患者来说，如患者抗HCV阳性或HCVRNA阳性，可诊断为丙型肝炎，无任何症状和体征，肝功能和肝组织学正常者为无症状HCV携带者。
丙型肝炎病毒抗体(抗HCV)阳性或丙肝病毒核糖核酸(HCVRNA)阳性，可诊断为丙型肝炎。无任何症状和体征，肝功能和肝组织学正常者为HCV携带者。其中，抗-HCV是HCV感染与既往感染的间接指标，HCV感染后到抗体转阳般有一较长的窗口期，平均为70天;HCVRNA是HCV复制活跃的可靠指标，在感染HCV1～2周内，血清中即可检测到HCVRNA。
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