男性原因导致不孕不育的，先天性问题较大，后天性比较容易克服，只要医疗得法，还是有机会再先生机。性功能障碍包括阳痿、早泄、遗精、不射精等，不射精症占男性不育原因的35%。以内科疾病为例，如糖尿病及有些神经系统的疾病，会引起性无能，也会造成精子产量减少。肺结核引起的副睾丸炎和前列腺炎，都会使精子的输送发生问题，如果患者常罹患慢性鼻窦炎、慢性支气管炎及细支气管扩张症，这些症状有时和精虫无力症或组织囊状纤维化症(造成双侧输精管缺损)有关。青春期后的腮腺炎有时会引起睾丸炎，使睾丸失去制精能力。
长期大量服用烟酒会造成精液品质下降。吸食大麻、海洛因也会影响男性生育力。最近六个月有无发烧超过38.5℃，如果发烧超过38.5 ℃，会遏制精子的制造达六个月久，并且发烧也会破坏精子DNA。精液质量异常，包括少精症、无精症、死精症、弱精症、多精症、精量过少及精液不液化等。少精症占男性不育原因的15.4%。
免疫学因素指男子血清或精浆中存在有抗精子抗体，产生自身抗精子免疫反应，导致免疫性不育。精索静脉曲张引起的男性不育占12%。有一些药物会造成精子暂时性或永远性的减少，像一些贺尔蒙制剂，如男性荷尔蒙、女性荷尔蒙、类固醇等一些治疗泌尿道感染的药物，如Nitrofuratoin;治疗痛风的药物如秋水仙素、治疗溃疡性结肠炎药物，如Sulphasalaz inel(一种黄胺剂)，会造成精子数目暂时性的减少。孕妇食用或暴露在女性贺尔蒙或类女性贺尔蒙添加物，会生下生殖器异常或睾丸制精能力低的男孩。为使身材健美而服用男性贺尔蒙也会造成精子数目下降。
一些**的化学药物也会对生育能力造成影响，导致不孕不育;放射线治疗会对生育功能造成不可恢复性的伤害，对于这些病人事先将精虫冷冻起来以备日后之需。此外生殖道感染、先天性异常、全身性疾病及不明原因也可引起不孕不育。
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