房缺病因很复杂，简单地说就是心脏内部发育不完善而遗留的缺损。房缺的发生是遗传和环境因素等复杂关系相互作用的结果，主要有以下三个因素会影响到胎儿发育而产生新生儿房缺。
1、遗传因素：房缺具有一定程度的家族发病趋势，可能因父母生殖细胞、染色体畸变所引起的。遗传学研究认为，多数的房缺是由多个基因与环境因素相互作用所形成。
2、胎儿发育的环境因素：
(1)感染，妊娠前三个月患病毒或细菌感染,尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿房缺的发病率较高。
(2)其它：如羊膜的病变，胎儿受压，妊娠早期先兆流产，母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大等均有使胎儿发生房缺的可能。
3、其它：有些房缺在高原地区较多，有些房缺有显著的男女性别间发病差异，说明出生地海拔高度和性别也与本病的发生有关。 在房缺患者中，能查到病因的是极少数，但加强对孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹、流感等风疹病毒性疾病和避免与发病有关的一切因素，对预防房缺具有积极意义。
温馨提示：早期发现小儿房缺对优生优育至关重要。在妊娠20周-28周时，利用切面超声心脏扫描仪，即可明确发现胎儿心脏是否有“缺损”。此外，还可发现胎儿有无腹水或水肿等情况，从而推测胎儿是否患有心脏畸型。
【参考文献：《小儿心脏外科学》《心脏内科主治医生922问》】
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