不是所有都需要用抗生素治疗，不仅非感染性腹泻不需要用，就是感染性腹泻也有大约一半的患者不需要抗生素治疗。因为不少感染性腹泻属于自限性疾病，有自愈倾向，通过机体防御机制及肠道正常菌群的生长以遏制致病菌;抗生素可干扰肠道正常菌群，有时反有利于致病菌生长。但对于婴儿、老弱病残、免疫功能缺陷者，抗生素应用范围应放宽。
目前国内外比较明确应该使用抗生素的腹泻疾病，主要有下列几种：
(1)霍乱。
(2)菌痢：中、重型菌痢原则上要应用抗生素。对于轻型菌痢，体温不高或38℃以下，大便数次或每天10次以下的成人患者，在充分休息、对症处理和医学观察的条件下可考虑不用抗生素。
(3)沙门氏菌：一般不用抗生素治疗，但如为6月龄以下婴儿或有免疫缺陷者，必须选用敏感抗生素治疗。
(4)空肠弯曲菌肠炎。
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