一、长期慢性刺激如肛瘘、湿疣和免疫性疾患与肛管癌发生都有关系。近年来发现人乳头状病毒(HPV)与它有密切关系，特别是HPV-1650%～80%的肛管癌细胞中有HPV-16。
肛管癌
二、性行为异常也是肛管癌的高危因素，男性彩虹恋患者47%有肛管湿疣史，其肛管癌发病危险系数是正常配偶的12.4倍。女性患者中30%有肛交史。
三、免疫遏制如肾移植术后患者，肛管癌的发病率要比正常人群高100倍。肛管癌也存在基因表达异常，67%的肛管癌可见p53基因突变，71%的肛管癌有癌基因 C-myc的表达且分布异常。此外也有人注意到吸烟也是肛管癌的重要诱因，有吸烟史的男、女性发病率分别是正常人的9.4倍和7.7倍。
分期 肛管癌临床病理分期种类较多较杂，目前从国际缓癌协会(UICC)的TNM分类法(1997)应用最多。
分期标准：
T原发肿瘤
Tx原发肿瘤未能确定
T0无原发肿瘤
Tis原位癌
T1肿瘤最大径≤2cm
T2肿瘤最大径>2cm
T3肿瘤最大径>5cm
T4肿瘤不论大小，但已经侵犯邻近器官如阴道、尿道、膀胱(仅侵犯括约肌不属于T4)
N区域淋巴结
Nx区域淋巴结未能确定
N0无区域淋巴结转移
N1直肠周围淋巴结转移
N2单侧髂内和(或)腹股沟淋巴结转移
N3直肠周围淋巴结和腹股沟淋巴结转移，和(或)双侧髂内和(或)双侧腹股沟淋巴结转移
M远处转移
Mx远处转移未能确定
M0无远处转移
M1有远处转移
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