儿童精神分裂症的病因尚不明确，目前一致认为可能是下列因素相互作用或共同作用的结果。
遗传因素
遗传因素在儿童精神分裂症病因中具有重要作用。最新研究发现在第6、第8对染色体上有异常基因位点。文献报道，儿童精神分裂症患者家族中有精神病遗传史者为16%~64%;父母同患精神分裂症，其子女有40%的患病危险;父母之一患病，子女发生精神分裂症的危险率为7%~17%，而普通人群为 1%左右。
性格特征
大多数精神分裂症患儿为内向性格，表现孤僻、胆小、兴趣少、敏感、怕羞、话少、主动积极性差。但一般认为病前性格并非发病的决定因素，而是患病的基础。在此基础上受到环境不良因素影响，则发病的可能性明显增加。
中枢神经系统损伤
精神分裂症患儿中有围生期损伤、感染、中毒病史者多。临床发现有步态、姿势、平衡协调运动、肌张力等异常征象。脑电图异常率也较高。
生化代谢异常
传统观念认为中枢多巴胺系统活动过度和去甲肾上腺素的功能不足与儿童精神分裂症发病有关。最近大量研究显示，脑内5-羟色胺、谷氨酸、和内啡肽的水平变化也与儿童精神分裂症发病有关。
心理因素
社会、家庭、心理因素对儿童精神分裂症的发生、发展及预后均有重要影响。相当多的患者是受到强烈惊吓、亲人死亡、受委屈或讽刺、父母离异、学习负担过重或升学未能如愿等精神因素诱发儿童精神分裂症者。
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