结直肠炎病因不是很明确、中医多认为与七情郁结、饮食不节、痢久失治、外感六淫、湿热内蕴所致脾胃失调、脾肾双亏等病因有关;西医则认为此病与环境因素、免疫因素、精神心理因素、遗传等因素相关。下面介绍结直肠炎的病因
(1)直肠以上的肠子有发炎，向直肠内蔓延。
(2)饮食不当，吃刺激性食物太多或饮酒过多。
(3)全身患有慢性疾病，身体抵抗力很低，直肠粘膜的抵抗力也降低。
(4)寄生虫感染，例如：阿米巴、血吸虫、蛔虫、绦虫、线虫等。
(5)慢性便秘或经常应用泻药，坚硬的粪块或频繁的腹泻，都可刺激直肠粘膜引起发炎。
(6)偶而有类似病人是因错用灌肠药物，直接药物性刺激直肠粘膜造成。
(7)肛门直肠本身存在疾病，例如：肛门直肠瘘，直肠膀胱瘘，肛窦炎，痔疮，肿瘤等，也可使邻近的直肠粘膜发炎。
(8)感染直肠炎的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病(如细菌性痢疾)相似，因而有些人认为感染是直肠炎的病因。在细菌、真菌和病毒等多种因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。
(9)自身免疫反应，因为本病并发自身免疫病者较多， 肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为本病的发生可能与自身免疫反应有关。另外，某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，损伤结肠粘膜。并且患者的淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，结肠炎的发生还可能与细胞免疫异常有关。
(10)遗传直肠炎的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。此外双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，提示本病的发生可能与遗传因素有关。
在常见直肠炎中，放射性直肠炎原因比较明确，是由于放射线引起的。那些患有子宫颈ai、膀胱ai、前列腺ai的病人，倘使采取局部放射治疗，比如强度很高的X线照射，或者上镭锭治疗，希望通过放射线的力量，杀灭肿瘤细胞，但是这类放射线是不具有选择性的，杀灭肿瘤细胞的同时，也会损伤邻近组织的细胞，上面一些病变部位的最亲密“邻居”就是直肠，由于直肠受到放射线的损伤，就会发生放射性直肠炎。
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