胃肠道间质瘤的治疗是一件棘手的事情，原因是早期难发现，而且常规放化疗效果较差，即使可以通过手术切除了肿瘤的患者，也有一半的人会在两年后复发，且多数复发肿瘤切除后均会再次复发。
近年来，随着分子靶向治疗药物的发展，诸如格列卫(伊马替尼)、索坦(舒尼替尼)等全新的靶向治疗药物被陆续研制出来，并被批准用于治疗胃肠间质瘤。在胃肠道间质瘤治疗领域，索坦(舒尼替尼)则是单独经SFDA批准用于伊马替尼治疗失败或不能耐受的GIST(胃肠间质瘤)药物。
另外，研究人员发现，在每天使用一次400毫克甲磺酸伊马替尼类靶向药物的患者中，98%的患者在术后一年内无复发，而且能将晚期患者的平均生存时间由19个月延长到54个月，3倍延长了患者的生存时间。与此同时，如果在术前通过靶向药物遏制肿瘤，同样能提高手术的成功率和患者术后的生存率。
饮食方面的恢复应该循序渐进，根据胃切除范围决定，原则应是软式易消化，营养均衡搭配，由少到多，少量多餐。
至于后遗症于一般腹部手术相同，常见的就是肠粘连、肠梗阻等。
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