有数种病毒可引起手足口病。最常见的是柯萨奇病毒A16型，此外柯萨奇病毒 A的其他株或肠道病毒71型也可引起手足口病。柯萨奇病毒是肠道病毒的一种。肠道病毒包括脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒和埃可病毒。其感染部位是包括口腔在内的整个消化道，通过污染的食物、饮料、水果等经口进入体内，并在肠道增殖。
手足口病主要发生在10岁以下的儿童，但成人也有可能得病，因此可以说每个人都是易感的。感染后只获得该型别病毒的免疫力，对其它型别病毒再感染无交叉免疫，即患手足口病后还可能因感染其它型别病毒而再次患手足口病。
感染的方式：
其感染部位是包括咽部在内的整个消化道，其传播途径是粪—口，仅少数是呼吸道。手足口病是由于食用和饮用被污染的饮料、水果、食物等造成的，而不是在拥挤的人群中通过呼吸传播的。
该病毒在室温下可存活数日，50℃可以迅速灭活，烧开的水中无存活病毒。因此，手足口病的预防主要是在疾病流行期，注意食用和饮用新鲜熟食。肠道病毒是人类最常见、最重要的病毒，其感染部位是消化道，而不是呼吸道，由于没有腹泻，临床医生往往将肠道病毒感染误诊为胃肠型感冒、不明原因发热、流行性胸痛、病毒性脑炎、病毒性心肌炎等等。在治疗上往往仅仅采取对症处理。
儿童和成人都可能感染，5岁以下儿童多发，所以成人也有可能得病，因此可以说每个人都是易感的。感染后只获得该型别病毒的免疫力，对其它型别病毒再感染无交叉免疫，即患手足口病后还可能因感染其它型别病毒而再次患手足口病。 环境卫生差、个人卫生习惯不良诱导病发，常引起儿童手足口病、病毒性咽峡炎。
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