1、病因：
肠道病毒中的柯萨奇病毒是手足口病的
元凶。其感染部位是包括咽部在内的整个消化道，而不是呼吸道，其传播途径是粪—口，仅少数是呼吸道，也就是说，手足口病是由于食用和饮用被污染的饮料、水果、食物等造成的，而不是在拥挤的人群中通过呼吸传播的。其感染部位是非常明确的——肠道。(详见国内高等医学院校教材第五版、第六版、各种感染微生物学专著如李兰娟院士主编的感染微生物学，微生物学检验等教材)
肠道病毒特点：室温下可存活数日，50℃可以迅速灭活，烧开的水中无存活病毒。因此，手足口病的预防主要是在疾病流行期，注意食用和饮用新鲜熟食。
肠道病毒感染特点：肠道病毒是人类最常见、最重要的病毒，是临床工作中最常见的病毒感染，其感染部位是消化道，而不是呼吸道，由于没有腹泻，临床医生往往将肠道病毒感染误诊为胃肠型感冒、不明原因发热、流行性胸痛、病毒性脑炎、病毒性心肌炎等等。在治疗上往往仅仅采取对症处理。
2、肠道病毒感染的诊断：
1)、有饮食不洁史，如生冷、冰镇食物，不新鲜食物如剩菜、剩饭、剩粥，冰箱内储存的食物，饭店、食堂、摊点等出售的食物，尤其是动物性食品，长期储存的食物如水果、饮料、罐头、奶饮料，反季节水果、蔬菜等，尤其是学校、幼儿园公用饮水机以及集体供奶是导致肠道病毒流行的重要原因。
2)、突起发热、咽痛、食欲不振、厌食、恶心、呕吐、腹痛，部分患者发热伴头痛、头晕、精神萎靡、嗜睡，也可以表现为发热、头痛、胸痛，部分患者表现为发热、口痛、厌食，口腔疱疹、溃疡，手心、脚心疱疹等(手、足、口，出现疱疹，临床往往诊断为手足口病)
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