对于性病的治疗，不能只强调药物对病原细菌的作用，单纯依赖抗菌药物，必须提高患者的抵抗力和去除感染因素，方可有效控制感染。健康的性行为才是健康的有力保障。
1、必须明确感染的性质：一旦临床上发生泌尿系感染的症状，必须明确是否为细菌性，究属那一类细菌等较好作培养和药敏，然后针对细菌的种类用药。但是往往在临床上未曾获得细菌检查已经给以用药，更等不及培养结果，这样在治疗上缺乏目标，易造成盲目性。
2、必须鉴别下尿路感染还是上尿路感染二者在治疗上有所不同，前者预后差，易复发;后者预后佳，很少复发。
3、血行性感染和上行性感染问题：血行性与上行性感染在治疗上有所区别。血行性感染发病急剧，有高热寒战，全身症状明显，应用血浓度高的药物或用静脉给药;而上行性感染以膀胱刺激征为主，应用尿浓度高的药物和解痉药物，血行性者需经静脉给药。
4、必须查明泌尿系有无梗阻：因为泌尿系梗阻为引起感染的直接诱因，同时在感染后若有梗阻存在则不易治愈，易产生耐药性菌株，同时亦易复发。
5、必须明确有无泌尿系感染的诱发因素应加以纠正。
尿液pH值的变异：发生泌尿系感染时，在治疗前应测定尿液的pH值。若为酸性，说明其致病菌适应于酸性环境，宜用碱性药物，如碳酸氢钠、单氢酸二钠，使尿液碱性化以遏制病菌的生长，并用适合于硷性的抗菌药物。反之亦然，即尿为碱性则宜用酸性药物，如双氢酸草钠，氯化铵加乌洛托品、维生素C等和加用适应于酸性的抗生素。
治疗必须彻底，防止转为慢性急性泌尿系感染往往因治疗不当，包括用药和剂量，产生耐药性菌株而转为慢性，常在治疗上带来困难。当泌尿系感染出现症状后，经适当治疗，在24～48小时后症状缓解，一般应用原剂量维持7天为较好。若有感染史、尿路梗阻等诱因者，必须用药时间加长，用维持剂量2～6周，以防转为慢性。
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