小儿癫痫的病因十分复杂，但随着医学科技的快速发展，大部分病因已被人们明确认识，总体讲从病因学上可将癫痫分作两大类：
一、原发性的癫痫
这一类癫痫占癫痫患者总数20%，没有找到致病原因，大多与遗传有关，因此也称作隐源性癫痫或遗传性癫痫。
二、继发性的癫痫或症状性的癫痫
1、先天脑发育畸形 如无脑回畸形、巨脑回畸形、多小脑回畸形、灰质异位症、脑穿通畸形、先天性脑积水、肼胝体发育不全、蛛网膜囊肿、头小畸形、巨脑症等。癫痫发作在一岁以内，形式多样，早期以婴儿痉挛为主。
2、神经皮肤综合征 最常见的有结节性硬化、神经纤维瘤病和脑三叉血管瘤病等。
3、遗传代谢病 如苯丙酮尿症、高氨血症、脑脂质沉积症、维生素B6依赖症等。
4、围产期脑损伤 主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧缺血性脑病，其中以缺氧缺血性脑病而致癫痫者最常见。
5、颅内感染 如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎等。
6、营养代谢障碍及内分泌疾病 常见有的低血糖、低血钙、低血镁、维生素B6缺乏和甲状腺功能低下。
7、脑血管病 如脑血管畸形、颅内出血、脑血管炎等。
8、外伤 由外伤而致的颅内出血、颅骨骨折、脑挫裂伤等均可引起癫痫，但发病率与损伤程度及部位有关。
9、复杂型高热惊厥后脑损伤也导致癫痫。
10、脑肿瘤 如神经胶质瘤、星形细胞瘤等，位于顶、额、颞叶区的肿瘤常引起癫痫。
11、脑变性病 脑黄斑变性、多发性硬化、亚急性硬化性全脑炎。
12、中毒性脑病 药物中毒、食物中毒、一氧化碳(CO)中毒、有机磷中毒、重金属中毒(汞、铅、砷)等。
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