所有中枢神经系统感染都应作为结核性脑膜炎的鉴别诊断加以考虑，其中特别是真菌性脑膜炎，治疗不全的细菌性脑膜炎，病毒性脑膜炎和病毒性脑炎等更易与结核性脑膜炎混淆。脑脊液中检出隐球菌抗原或阳性墨汁染色对诊断新形隐球菌脑膜炎极为敏感又有特异性。测定凝集试验，乳胶补体结核试验和对流免疫电泳皆有助于确定治疗不全的细菌性脑膜炎。
结核菌素试验
结核菌素试验是测定拖延型超过敏的手段，当躯体感染患结核感染时，产生的特殊免疫反应为细胞介导的免疫反应，从而出现拖延型超过敏现象。一旦结核菌素试验呈现阳性，将长期维持不变。所以结核菌素试验阳性的结果无法区别过去感染和当前感染。
在结核病发病率不高的地区和人群，儿童结核菌素试验阳性和成年人的结核菌素试验由阴性转阳有助于诊断。阴性反应不能排除结核性脑炎。阴性反应患者常于抗结核治疗后转为阳性。严重衰弱，营养不良或经应用皮质类固醇激素治疗，免疫功能缺陷的患者以及结核病的晚期或终末期患者的结核菌素试验皆多呈阴性反应。
肺和其他器官的结核病变
多数结核性脑膜炎病人，特别是儿童身体其他部位常有活动性结核，一般在肺，其次为骨和肾。一些病人，主要是成年人只能发现不活动的肺病变，而另一些病人则全无神经系统外结核可见。部分病人，不论存在粟粒性肺结核与否，眼底检查都能发现脉络膜结核结节，早期呈圆形，比周围脉络膜淡且白，后期边界清晰呈一血素小点。
85%的病人血沉增快，低血钠和低血氯很常见，这是由于抗利尿激素分泌不良所致。凡有无菌性脑膜炎同时伴发抗利尿激素分泌不良，其病源多为结核性。粟粒性肺结核患者血清碱性磷酸酶普遍增高。
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